E-Fatura uygulaması kapsamında Mükelleflere ait gönderilen ve alınan e-faturaların elektronik olarak GİB’in belirlediği koşullar dahilinde gerekli güvenlik kontrolleri sağlanarak saklanması, bu faturaların ihtiyaç duyulması halinde ibraz edilmesidir. e-Faturanın kağıda basımı geçerli olmayıp elektronik dosya biçiminde saklanması gerekmektedir. Vergi Usul Kanunu’na göre söz konusu saklama zorunluluğu e- faturanın düzenlendiği veya alındığı yılı takip eden beş yıl, Türk Ticaret Kanunu açısından ise on yıldır.
Muhafaza ve ibraz yükümlülüğü, arşivlenen faturaların doğruluğuna, bütünlüğüne ve değişmezliğine ilişkin olan her türlü elektronik kayıt saklama ortamı ile doğrulama ve görüntüleme araçlarının tümünü kapsamakta olup, e-Faturalara istendiğinde kolaylıkla erişebilmeyi, anlaşılabilir ve eksiksiz bir biçimde görüntüleyebilmeyi ve faturaların okunabilir kağıt baskılarını üretebilmeyi sağlayacak biçimde yerine getirilmesi gerekmektedir.
GİB Portal ya da Entegrasyon yöntemlerini seçen mükelleflerin kendilerine gelen ve düzenlemiş oldukları e-faturaları kendi bilgi işlem sistemleri veya yetkilendirilmiş saklama şirketlerinde saklamaları gerekmektedir. Bu anlamda gerek entegrasyon ve gerekse de GİB portal yöntemiyle gönderilen faturalar için e-fatura alım ve gönderimin yanı sıra saklama (muhafaza ve ibraz) işlemlerini ayrıca yerine getirmek zorundadır.
Saklama hizmeti GİB tarafından verilmemektedir. Faturalar yaklaşık olarak üç aylık periyotlarla silinmektedir. Saklama çözümünde, mali mühür ya da e-Imza ile mühürlenmiş, fatura gönderim süreci tamamlanmış e-Faturalar, gönderildiği şekilde değişmezliği garanti edilerek saklanmaktadır. Saklama UBL-TR formatında yapılmaktadır. Portal uygulamasıyla ihtiyaç halinde ibraz veya kullanım amacıyla istenen faturalar geçmişe yönelik anlık olarak sorgulanıp, PDF,UBL, v.b. formatlarda alınabilir. Mevcutta GİB portali üzerinden hizmet alan ya da entegrasyon yöntemini kullanan mükelleflerin GİB’e herhangi bir bildirime bulunmasına gerek kalmadan saklama hizmetini uygulama üzerinden gerçekleştirebileceklerdir.